Sebastiano, martire qui sepolto, ha finito con l’imporre il nome al cimitero, che invece originariamente era denominato “ad catacumbas" ossia, secondo la spiegazione più diffusa. “presso l’avvallamento”, in quanto nel sito vi erano delle cave di pozzolana, e questo toponimo è stato poi assunto per estensione ad indicare i cimiteri sotterranei cristiani. Altro nome antico del complesso è quello di
“memoria Apostolorum”, derivante dal culto che quivi si rivolse temporaneamente agli Apostoli Pietro e Paolo. D.C., il sito è stato intensamente sfruttato ed edificato, con diverse destinazioni d’uso. Gli avvallamenti e la gallerie arenarie, infatti, furono utilizzati per collocarvi sepolture a loculo, sia pagane, sia cristiane; furono costruiti diversi colombari ed almeno due edifici residenziali, notevoli per le loro decorazioni parietali. avvenne un interro della zona dell’arenario: sulla piazzola che si venne a determinare furono innalzati tre mausolei (di Clodius Hermes, degli Innocentiores e dell’Ascia), nei quali furono deposti alla prima metà del III sec. membri di fede cristiana. Quest’area fu di nuovo interrata, e su di essa fu realizzato un porticato delimitato da un muro (“triclia”). Sul muro sono stati decifrati centinaia di graffiti con invocazioni a Pietro e Paolo, dovuti al fatto che, intorno al 250, il culto dagli Apostoli fu trasferito in questo luogo, sul quale l’imperatore Costantino (306-337) fece erigere una grandiosa basilica circiforme dedicata agli Apostoli. Intanto, già dal III sec, si era sviluppata, nel sottosuolo, la catacomba, in cui furono sepolti, come è noto dalle fonti, i martiri Sebastiano ed Eutichio.