A principios del siglo XIX llegarón a Jicaltepec las primeras familias de campesinos Franceses procedentes de Champlitte, con la esperanza de mejores condiciones de vida, y con el objetivo de fundar una granja colectiva, para lo cual se les habían prometido casas y tierras en una zona con suelos de gran riqueza, sin embargo, después de un largo y complicado viaje, llegaron a tierras Veracruzanas y se percataron que habían sido engañados; no existían tales casas ni tierras cultivables. Así que empezaron a luchar por sobrevivir contra el clima y los peligros de la selva tropical, formaron una colonia al margen del río Filobobos y gracias al arduo trabajo de sus habitantes y las bondades de esos suelos, la colonia fue creciendo poco a poco formando así el primer asentamiento conocido en aquella época como Zopilotes. Posteriormente se le da el nombre de Manuel Acuña, para después cambiarse por el actual San Rafael, dando origen a la última de las colonias de migrantes franceses en México.
Inicialmente los colonos se integran al cultivo de la vainilla silvestre, y posteriormente traen de Francia la técnica de fecundación artificial, convirtiendo a San Rafael en uno de los centros vainilleros más importantes.
En 1876 se funda la primera escuela en donde se enseñaba el Español y el Francés.
En 1888 las cosechas, animales y muchos hogares son arrasados por una gran inundación.
Con la nueva Constitución Mexicana después de la Revolución, las familias de origen francés obtienen sus documentos de naturalización y se convierten en ciudadanos mexicanos. En esa época se inicia la siembra del plátano Roatán y se inicia la cría del ganado cebú.
Para 1941 se inicia la construcción de la carretera nacional de Puebla hasta Nautla, lo que fomentó la riqueza de la región.
En 1974 La familia Thomas inicia la obra de un hotel de primer nivel en el centro de San Rafael y deciden ponerle “Champlitte” en honor a la región Francesa que dejaron atrás en búsqueda de mejores oportunidades.
En 1976 Hotel Champlitte abre sus puertas ofreciendo a sus visitantes un alojamiento de primer nivel, con 27 habitaciones dobles con hermosas vistas al Río Bobos y a la plaza central, con elevador y Discoteca Panorámica excediendo así las expectativas de sus visitantes y poniendo a San Rafael como un centro turístico y cuna de grandes negocios principalmente agrícolas.
Hoy en día cada habitación ofrece Aire acondicionado, baños limpios con agua caliente, Wi Fi gratis, Televisión de pantalla plana con cable y balcones con hermosas vistas, así como área de estar y salón de fiestas con vista panorámica.
En la actualidad, los habitantes de la ciudad son descendientes de estos migrantes franceses, familias mexicanas originarias del lugar y allegados a la región por el beneficio del clima y el trabajo. Existe una prestigiada ganadería, se cultiva plátano, cítricos y vainilla. Los migrantes franceses de San Rafael introdujeron las técnicas de fecundación de vainilla en México con tanto éxito que el producto se exportó a Francia durante mucho tiempo.
Aun se conservan muchas tradiciones francesas en las familias más antiguas como la elaboración casera del queso, el pan y el vino. Durante el verano este bello pueblo se viste de fiesta por su tradicional carnaval efectuado en la 2.ª semana del mes de julio. Durante la celebración se subastan ganado bovino y otros productos de la región. Otras actividades tradicionales consisten en la quema del mal humor donde se quema una piñata que simboliza el mal humor, también se realizan presentaciones artísticas, la coronación de reina del carnaval, un paseo de carros alegóricos, fiesta de disfraces y bailes populares todos los días.
La Gastronomía de San Rafael es una de las más ricas del estado de Veracruz, está compuesta por platillos de tendencia francesa, Guisos y Mariscos frescos, quesos en sus variedades de: borona, manchego, botanero de crema, tajada y estilo ranchero, panes y galletas así como deliciosos postres como carlota de frutas de temporada, suflé de limón, huevos nevados, galletas de nata, buñuelos, pay de queso y sin fallar el tradicional pan de agua. Así mismo se puede apreciar esa tendencia francesa en la elaboración de vinos de frutas de la temporada, como son de naranja, capulín, guanábana, maracuya, durazno entre otros.
En el 2007 se inauguró el Museo de San Rafael, en donde se puede conocer la historia de la región de la cuenca baja del río Bobos, desde la época prehispánica hasta el siglo XX.
